Xhemal Naipi dha kontribut të dukshëm për arsimin edhe nëpërmjet detyrës së tij si drejtor i përgjithshëm i Vakëfeve, që nga viti 1916. Si organizëm i parë kombëtar fetar, drejtoria e Vakëfeve, hodhi bazat për inventarizimin e pasurisë, për administrimin e saj nga qendra, për ta përdorur atë drejtpërdrejt për nevojat e veta financiare, për mirëmbajtjen e institucioneve, për rrogat e personelit, për funksionimin e medreseve, etj.

Drejtoria e përgjithshme e Vakëfeve, me punën e mirë fillestare të drejtuesit të saj, me traditën pozitive të krijuar, bëri të mundur grumbullimin e fondeve të përshtatshme edhe për ndërtimin e godinës së re të Medresesë së Përgjithshme të Tiranës, e cila është madhështore, akoma dhe sot. Më 1922-in, ishte ndër përkrahësit më aktivë për hapjen e Gjimnazit të Shtetit në Shkodër.

Deri në vitin 1925, në Shkodër ekzistonin dy medrese, ajo e Pazarit dhe Medreseja e Re. Me kujdesin e Xhemal Naipit, ato u bashkuan në një të vetme, u reformuan planet e programet mësimore, u caktuan drejtorë të aftë, si Haxhi Ibrahim Kaduku e Hafiz Sali Myftia dhe mësues të tjerë të përgatitur.

Si myfti, Xhemal Naipi, ishte vazhdues i denjë i myftinjve të mëparshëm të dëgjuar për zonën e Shkodrës, që nga Jusuf efendi Tabaku, Hafiz Adem Myftia, Hafiz Tahir Myftia, etj., dhe puna e tij, e bazuar në dokumentet e Komunitetit Mysliman, u karakterizua nga kompetenca, nga profesionalizmi, nga dituria, nga kultura, nga përpjekja për të ecur më përpara, besimi islam.

Në detyrën e tij si kadi e si myfti në Shkodër, Xhemal Naipi në një periudhë ndryshimesh e krijimit të marrëdhënieve të reja shtetërore e fetare, në një qytet me ndikime e interesa të ndryshme, me ndërhyrje të huaja, me mentalitete konservatore e liberale, punoi vetë së bashku me kuadrot fetarë, që kishte në vartësi, për sigurimin e një atmosfere mirëkuptimi ndërfetar, të një tolerance e bashkëpunimi të natyrshëm, për nderimin e ndërsjellë, për krijimin e forcimin e një miqësie të sinqertë mes drejtuesve e besimtarëve të të tri besimeve, që bashkëjetonin në këtë qytet.

Përveç detyrës si kadi, myfti e drejtor i përgjithshëm i Vakfeve, Xhemal Naipi dha ndihmën e tij edhe në aspektin kulturor. Ai përkrahu “Shoqërinë e Talebeve të Medresesë së Re”, për veprimtari fetare-kulturore e, për botime të veçanta me karakter propagandistik, drejtuar popullit e rinisë.

Më 3 mars 1936, u krijua Organizata “Drita Hyjnore”. Më vonë, më 21 tetor 1938, në asamblenë e saj, Xhemal Naipi u zgjodh anëtar i Këshillit të Përhershëm të saj.

Veprimtaria atdhetare e Xhemal Naipit është e pasur dhe e vazhdueshme, ashtu si ajo fetare, shpesh të lidhura ngushtë njëra me tjetrën e të bashkërenditura në përputhje me rrethanat e kohës. Veprimtaria atdhetare e Xhemal Naipit, vjen gjithnjë duke u rritur. Më 7 nëntor 1918, u formua Komiteti “Mbrojtja Kombëtare e Kosovës”,! me qendër në Shkodër, i cili filloi të vepronte ilegalisht.

Ky komitet i kishte vënë vetes dy detyra: të mbronte shtetin e pavarur shqiptar, si dhe të luftonte për shpëtimin e Kosovës e të Rrafshit të Dukagjinit dhe për bashkimin e tyre me Shqipërinë…! Xhemal Naipi qe një prej atyre personaliteteve që nuk kurseu popullaritet dhe funksionet e tij, për të dhënë një ndihmesë të vyer, në veprimtarinë për çështjen kosovare. Për këtë, flet qartë letra që Hoxha Kadria, i dërgon nga Tirana më 22 shkurt 1920, Komitetit “Mbrojtja Kombëtare e Kosovës” në Shkodër: “Presim shumë shërbime nga kadiu patriot z. Xhemal efendiu. Të gjithë janë të kënaqur nga ai. Lutemi t’i paraqitni të falat tona”.

Xhemal Naipi u bë tepër veprues për problemet kombëtare me mbajtjen e Kongresit të Lushnjës dhe vendimit e tij. Në një mbledhje u vendos që Shkodra të përfaqësohej me katër senatorë në Këshillin Kombëtar (Senat). Një ndër ta ishte Xhemal Naipi. Në mbledhjen e parë të Këshillit Kombëtar, që u mbajt më 27.3.1920 në Tiranë, u zgjodh në komisionin prej pesë vetash për drejtimin e saj dhe në mbledhjen e dytë më 29 mars 1920, ai u zgjodh nënkryetar i Këshillit Kombëtar.

Ai fitoi 20 vota nga 24 pjesëmarrës, për kryetar i Këshillit Kombëtar dhe si sekretar u zgjodh Hilë Mosi, me të cilin bashkëpunoi ngushtësisht dhe miqësisht, për mbarëvajtjen e punimeve të Legjislaturës së parë. Ata luajtën një rol të rëndësishëm, për funksionimin e këtij organi legjislativ. Xhemal Naipi qe kryetar i parlamentit të parë pluralist shqiptar, pasi në të, përfaqësoheshin rryma të ndryshme politike.

Veprimtaria atdhetare e Xhemal Naipit, është shprehur qartë e me guxim edhe me rastin e 7 prillit 1939. Ai si deputet i parlamentit, u rendit në anën e popullit e të atdheut, kundër pushtimit fashist italian, nuk pranoi të bëhej vegël e italianëve, nuk u gënjye nga premtimet, as nuk u përkul nga presionet, por qëndroi si shqiptar atdhetar.

Burime të shumta arkivore, dëshmojnë se Xhemal Naipi nuk qe pjesëmarrës në Asamblenë Kushtetuese, që e konsideronte regjimin “të ram”, që krijoi qeverinë e re dhe “vendosi” që kurorën e Shqipërisë, t’ia ofrojë Viktor Emanuelit III-të.

Fashizmi donte të komprometonte deputetët atdhetarë, duke i përfshirë në Asamblenë Kushtetuese. Mjaft prej tyre nuk u paraqitën e, për pasojë nuk u miratuan vendimet. Një ndër ta qe Xhemal Naipi. Për këtë ai u burgos dhe u internua. Deputeti i asaj kohe, Zoi Xoxe, drejtor i gazetës “Drita”, në dorëshkrimin “Kujtimet e një gazetari”, që ishte fshehur me rastin e 7 prillit, ndër të tjera shkruan:

“…Pas nja 10 ditësh, mendoja se mund të shkoja në shtëpi, gjithnjë duke ndenjur edhe për disa kohë i fshehur. Por një mëngjes herët, më erdhi në shtëpi një kapiten shqiptar dhe me shumë fisnikëri, më tha se më kërkonin pak në komandë…! (Burgosja). Në dhomën ku më shpunë, gjeta Xhemal Naipin, Shefqet Mukën, Rrustem Ymerin…! Italianët i kishin ndarë deputetët në filo-italianë dhe anti-italianë. Ata që ishin në këtë listë të dytë, i burgosën, kurse atyre që i kishin në listën e filo-italianëve, u dhanë ofiqe me rëndësi”.

Si rrjedhim i qëndrimit të drejtë atdhetar, Xhemal Naipi me shumë atdhetarë të tjerë antifashistë, u burgos e u internua në Itali. Në Bashkinë e Shkodrës, ndodhet lista emërore e të internuarve në Itali, gjatë okupacionit italian, që nga 7 prilli 1939 e, deri më 14 shtator 1943. Në të figuron edhe emri i Xhemal Naipit. Ai u internua në Ceresara të Mantovas, në Itali. Në fakt ai qëndroi atje i internuar, deri në vitin 1942.

Gjendja ishte e rëndë, prandaj Xhemal Naipi në këtë kohë doli ilegal dhe mori pjesë aktive në çetat legaliste të, komanduara nga major Abaz Kupi. Në nëntor 1943, në mbledhjen e Zall-Herrit, ai u zgjodh kryetar i Lëvizjes së Legalitetit. Qëndroi i fshehur deri në vitin 1946. Gjatë viteve 1945-1946, i konfiskohet pasuria dhe familja e tij, gruaja dhe fëmijët, i internohen në Berat, “për çështje politike”. Kur doli amnistia, ai u dorëzua.

Gjatë gjykimit, Xhemal Naipi u dënua fillimisht me vdekje, me pushkatim, por më vonë, iu kthye me burgim të përjetshëm. Me vendim nr. 218 datë 23.6.1947, të Gjykatës Ushtarake Shkodër, ai është dënuar “për pjesëmarrje në organizatën Legaliteti, e cila ushtroi një aktivitet kundër pushtetit popullor, ka bërë agjitacion e propagandë kundër pushtetit, me privim lirie për jetë, me punë të detyruar, humbjen e të drejtave civile e politike për jetë, konfiskim i pasurisë së tundshme e të patundshme”.

Kështu filloi për të vargu i pafund i vuajtjeve të papërshkrueshme. Njohu tërë kampet e punës së detyruar në të gjithë vendin dhe përfundoi në burgun famëkeq të Burrelit. Nuk pati asnjë zbritje dënimi, sepse ishte dhe konsiderohej; “i pakorrigjueshëm”.

Edhe në burg, nuk pushoi së mësuari e së edukuari të rinj e të moshuar, të pashkollë e me shkollë, duke u dhënë njohuri fetare, mësime patriotike, këshilla durimi e kurajë për të përballuar vështirësitë e urisë, të punës së detyruar, të keqtrajtimit fizik, moral e qytetar.

Vdiq më 1955, në moshën 77-vjeçare, pa pasur dijeni familjarët, as dhe për varrin e tij. Djemtë e vajzat, nipërit e mbesat, u persekutuan nga regjimi komunist, nuk gëzuan të drejtën e arsimimit e të punëve të përshtatshme, por vetëm punët e rënda fizike. Ata i ndoqi lufta e klasave, biografia e babait dhe e gjyshit.

Zhvillimi i proceseve demokratike në Shqipëri, ka bërë të mundur që personalitetet, ngjarjet dhe dukuritë historike lokale e kombëtare, të pasqyrohen drejt, larg kritereve ideologjike, në bazë të dokumenteve, duke u dhënë atyre vendin dhe vlerën e duhur.

Dr. Fejzi Domni nga SHBA-ës, djali i Isa Domnit, një nga pjesëmarrësit e themeluesit të Komunitetit Mysliman Shqiptar, nën kryesinë e Haxhi Vehbi Dibrës, sekretar i përgjithshëm i këtij Komuniteti, dhe një nga drejtuesit e parë të revistës “Zani i Naltë”, shkruan për Xhemal Naipin:

“Në këtë kohë (viti 1916), regjistrohen dosjet e para të përpiluara në gjuhën shqipe me shkronja latine dhe po në këtë kohë, themelohet edhe Zyra e Vakëfeve të Shqipërisë, me drejtor Xhemal Naipin, një teolog dhe patriot shkodran i mirënjohur. Komuniteti Mysliman pasurohet me kthimin e tokave dhe të pronave, të trashëguara prej vullnetit dhe dëshirës së popullit shqiptar, të cilat shpresoj që t’i rikthehen prej Qeverisë Demokratike të sotme”.

Studime për historinë e arsimit, për hapje shkollash e për rolin e drejtorëve të tyre, kanë vënë në dukje edhe kontributin e Xhemal Naipit, në këtë fushë. Studiuesi i njohur Islam Dizdari, ka nënvizuar ndër të tjera: “Në vitin 1913, Komisioni Arsimor i Bashkisë, i kryesuar nga Xhemal Naipi, kadi i Shkodrës në atë kohë, hapi tri shkolla shtetërore, shkollën Popullore, me drejtor Gasper Mikeli, të Rusit, me drejtor Molla Medo Sukniqin dhe të Parrucës, me drejtor Haxhi Hafiz Abaz Golemin”.

Vlerësimet janë të shumta, por ata u përmbyllën me dekorimet e bëra vitet e fundit që shprehin ndihmesën e tij të çmuar atdhetare e demokratike. Presidenti i Republikës, Prof. Dr. Sali Berisha, me rastin e festimit të 75 vjetorit të Kongresit të Lushnjës, e dekoroi Xhemal Naipin, me Urdhrin; “Për veprimtari patriotike të Klasit I-rë” dhe më vonë, me rastin e dekorimit të një grupi klerikësh patriotë e demokratë, me medaljen; “Pishtar i demokracisë”. Memorie.al