Me nismën e një grupi të intelektualëve shqiptarë të kohës, siç ishin: Mustafa Merlika Kruja, Ernest Koliqi, Eqerem bej Vlora, Mati Llogoreci, Eqerm Çabej, Lasgush Poradeci, Aleksandër Xhuvani, Dhimitër Berati, Namik Resuli, Ndue Paluci, Ahmet Gashi etj., në vitin 1940 në Tiranë, formohet “Instituti Mbretnuer të Studimevet Shqiptare”, i cili nga vjeshta e vitit 1943, mori emrin “Instituti Shqiptar për Studime e Arte”. Drejtor i parë i këtij instituti u zgjodh Mustafa Merlika Kruja, të cilin (pasi në dhjetor të vitit 1941 emërohet kryeministër i Shqipërisë) atë e zëvendësoi, Ernest Koliqi, një intelektual dhe atdhetar tjetër i shquar, i cili ndryshe njihet edhe si nismëtari, organizatori dhe themeluesi i shkollave shqipe në Tokat e Liruara.
Brenda katër viteve sa funksionoi Instituti për Studime Shqiptare, botoi një numër të madh të studimeve albanologjike, që me këtë rast po i veçoj vetëm disa prej tyre: “Konferenca e Londrës mbi çështjen shqiptare”, “Studime historike mbi qytetin e Dibrës”, “Studime historike mbi qytetet dhe fshatrat e Vilajetit të Janinës”, “Studime historike mbi qytetet dhe fshatrat e prefekturës së Kosovës”, “Studime historike mbi qytetet dhe fshatrat e Vilajetit të Manastirit”, “Studime historike mbi qytetin e Prizrenit”, “Studime historike mbi Shqipërinë”, “Studime përmbledhëse mbi Shqipërinë” të shkruar nga autorit Ahmet Hamdi në vitin 1920, “Studime historike mbi origjinën e shqiptarëve”, “Studime historike mbi disfatën e ushtrisë turke në luftën ballkanike”, “Roli i intelektualëve për ta çuar Shqipërinë përpara”, “Studime historike mbi figurat e njohura të Rilindjes Kombëtare: Sami Frashëri, Hoxhë Tahsini etj.”, “Studime historike mbi shqiptarët e Italisë”, “Studime historike mbi shqiptarët e Egjiptit”, “Studime historike mbi shqiptarët e Rumanisë”, “Studime historike mbi shqiptarët e Kaukazit” e shumë studime tjera, të cilat ruhen në dorëshkrim në Arkivin Qendror të Shtetit në Tiranë, Fondi Instituti i Studime Shqiptare (200).
Mustafa Merlika Kruja, i brengosur thellë për fatin e shqiptarëve në përgjithësi, e të Shqipërisë në veçanti, më 3 shtator 1943, hartoi një projekt, i cili ndër të tjerave parashihte që në kuadër të Institutit për Studime Shqiptare, të krijohej një trup i përbashkët i intelektualëve shqiptarë, të cilët do të angazhoheshin në grumbullimin e të gjitha veprave të shkruara për shqiptarët dhe Shqipërinë nga autorët e huaj, dhe pasi të lexoheshin e të daktilografoheshin të gjitha ato pjesë që bënin fjalë për popullin shqiptar dhe Shqipërinë, të seleksionoheshin, klasifikoheshin dhe botoheshin. Këtë detyrë të shenjtë kombëtare, sipas Krujës, mund ta kryente vetëm Instituti për Studime Shqiptare, natyrisht në bashkëpunim të ngushtë me intelektualët shqiptarë kudo që ato ndodheshin, sepse, siç do të shprehet ai: “…Diplomatët qi do të mblidhen rreth tryezës së gjelbër për të dá fatin e kombevet në konferencën e ardhëshme nuk janë gjyqtar objektivë qi shikojnë vetëm të drejtën, por janë avoketët t’interesave të vêndeve të veta e të miqve dhe t’aljatve të tyne….”. Mirëpo, sipas Krujës, edhe pse nuk mund të shpresohej shumë se në atë “kuvend diplomatësh” do të gjendeshin “miq të vërtetë të Shqipnis”, ata, pra diplomatët botëror, nuk do të kishin mundësi as me i mohuar “kryekëput të drejtat e nji kombi të vogël” të provuara “me argumente të qartë e të forta” përpara tyre e përpara opinionit të popujve që përfaqësojnë…”. Prandaj, për ta bindur botën rreth të drejtave të kombit shqiptar, Kruja propozonte që nga ana e Institutit të ndërmerreshin këto çështje:
“I. Të hartohet një bibliografí e cila do t’i përfshinte të gjitha veprat që flasin për Shqipërinë e shqiptarët në mënyrë të drejtpërdrejt apo të tërthortë, në të gjitha gjuhët e botës;
II. Të gjitha ato vepra të lexohen me kujdes e të daktilografohen në gjuhë origjinale të gjitha pjesët e tyre që pohojnë për të drejtat kombëtare të shqiptarëve, sidomos ato etnike.
III. Ato pjesë të zgjedhura me kujdes prej veprash të studiuara mirë, të seleksionohen, të klasifikohen e të botohen me indekse racionale, në mënyrë që të mundet me u gjetur automatikisht se ç’far dhe nga cili autor është folur për kombin shqiptar.
IV. Që tërë kjo punë të kryhet në një kohë sa më të shpejtë, nevojitet bashkëpunimi i të gjithë intelektualëve shqiptar të cilët e njohin mirë një gjuhë të huaj (anglisht, gjermanisht, frëngjisht, greqisht, italisht, serbo-kroatisht, bullgarisht, rumanisht, turqisht) e të cilët kanë vullnet për të hulumtuar e lexuar. Të gjithë ata duhet të rekrutohen vullnetarisht për një kohë të caktuar në Institutin Mbretëror të Studimeve Shqiptare;
V. Pasi të jetë i përgatitur katalogu i veprave për t’u studiuar (libra, statistika, karta etnografike, rivista, etj.), të ndahet puna duke i caktuar secilit bashkëpunëtor pjesën e vet sipas kompetencës (gjuhës që din) e sipas kohës që ka në dispozicion;
VI. Bashkëpunëtorëve duhet t’u caktohet një kohë brenda së cilës do t’i paraqesin Institutit përfundimin e punës që u është dhënë për ta kryer;
VII. Instituti do të formojë një komision prej bashkëpunëtorëve kompetent që banojnë në Tiranë apo që mund të vijnë për të banuar përkohësisht aty për ta bërë seleksionimin e përpilimin e veprës definitive.
VIII. Fondet e nevojshme për kryerjen e kësaj pune t’i mbuloj Instituti, nëse i posedon, ose nga ndihmat që do të mund të grumbullohen shumë lehtë për këtë qëllim”.
Për fatin tonë të keq, me ardhjen në pushtet të Partisë Komuniste Shqiptare, Enver Hoxha dhe klika e tij komuniste (të cilët miqtë e Shqipërisë e të shqiptarëve i shpallën për “armiq”, ndërsa armiqtë për “miq”, jo vetëm se e hodhën poshtë Projektin e hartuar nga Mustafa Merlika Kruja, por njëkohësisht e shuan edhe Institutin Shqiptar për Studime dhe Arte, me pretekst se i njëjti na qenka formuar nga “reaksioni shqiptaro-madh”. Rrjedhimisht, numër i madh i punonjësve dhe bashkëpunëtorëve të jashtëm të këtij instituti u pushkatuan, një numër tjetër në pamundësi për të qëndruar në atdheun e tyre, u detyrua të emigroj në Greqi, Itali, Turqi, Egjipt, SHBA, Australi dhe në vende tjera demokratike perëndimore, një pjesë tjetër u burgos apo u internua, ndërsa vetëm një numër i vogël arriti të mbijetoj, i cili, edhe në kushtet e një regjimi enveriano-stalinist, dha një kontribut të jashtëzakonshëm në fushën albanologjike në përgjithësi.
Fund